Microbiote et barrière intestinale : une revue de 2025 alerte sur les dangers des Aliments ultra-transformés

Pour bien comprendre les impacts des aliments ultra-transformés sur la santé, il est essentiel de revenir à la classification NOVA, un outil de référence reconnu par l’OMS et utilisé dans de nombreuses études en nutrition de santé publique. Cette classification ne se base pas sur la valeur nutritionnelle, mais sur le degré de transformation des aliments.

La classification NOVA comprend 4 groupes :

• NOVA 1 – Aliments non transformés ou peu transformés
  Ce sont les aliments bruts, naturels, ou ayant subi des procédés simples comme le lavage, la congélation ou la cuisson sans ajout d’additifs. Ils sont à la base d’une alimentation saine.
  Exemples : fruits, légumes, légumineuses, œufs, viandes fraîches, lait, céréales complètes, noix...
• NOVA 2 – Ingrédients culinaires transformés
  Ce sont des substances extraites d’aliments du groupe 1 ou de la nature, destinées à être utilisées en cuisine pour assaisonner, cuire ou conserver.
  Exemples : huiles végétales, sel, sucre, vinaigre…
• NOVA 3 – Aliments transformés
  Ce groupe regroupe des produits élaborés à partir du groupe 1, auxquels sont ajoutés des ingrédients du groupe 2, généralement par des procédés traditionnels (cuisson, salaison, fermentation, mise en conserve).
  Exemples : pain traditionnel, fromages, conserves de légumes ou de poisson, jambon artisanal...
• NOVA 4 – Aliments ultra-transformés (AUT)
  Ce sont des produits industriels conçus à partir d’ingrédients modifiés ou artificiels (additifs, arômes, émulsifiants, édulcorants…), souvent sans aucun aliment brut identifiable. Ce qui en fait des aliments "reconstitués", créés pour être prêts à consommer, hyper-appétents, et à longue conservation, souvent au détriment de la santé.
  Exemples : sodas, céréales sucrées, plats préparés, nuggets, chips, yaourts aux arômes, viennoiseries industrielles, charcuterie reconstituée.

Dans les pays industrialisés, les AUT représentent jusqu’à 50 à 60 % de l’apport calorique quotidien, notamment chez les adolescents et les jeunes adultes. Leur consommation est en hausse constante, favorisée par leur prix, leur disponibilité et leur marketing intensif, souvent ciblé sur les enfants.

Mais derrière leur praticité apparente, ces produits modifient profondément notre métabolisme, notre microbiote et notre santé à long terme. C’est ce que la science confirme de plus en plus clairement.

Le microbiote intestinal est un écosystème complexe composé de plusieurs milliers de milliards de micro-organismes — principalement des bactéries, mais aussi des levures, archées et virus — qui résident dans notre intestin. Cet ensemble vivant forme un organe à part entière, en interaction permanente avec notre corps. Son bon fonctionnement est indispensable à notre santé globale. Il intervient dans de nombreux processus biologiques :

• La digestion des fibres alimentaires et des composés complexes (comme les amidons résistants), que notre organisme ne peut pas assimiler seul.
• La production de vitamines (notamment B9, B12, K) et d’acides gras à chaîne courte (SCFA) comme le butyrate, essentiels à la santé du côlon et à la régulation de l’inflammation.
• La régulation du système immunitaire intestinal, en favorisant l’équilibre entre tolérance et réponse immunitaire.
• Le maintien de l’intégrité de la barrière intestinale, en stimulant la production de mucus protecteur et les jonctions serrées entre les cellules épithéliales.
• La communication avec le cerveau, via l’axe intestin-cerveau, en modulant la production de neurotransmetteurs (sérotonine, GABA, dopamine) impliqués dans l’humeur, le stress et les fonctions cognitives.

Un microbiote équilibré est donc un pilier de la santé digestive, métabolique, immunitaire et mentale.

Les effets délétères des aliments ultra-transformés

La revue The Detrimental Impact of Ultra-Processed Foods on the Human Gut Microbiome and Gut Barrier (publiée dans Nutrients, 2025) met en lumière les perturbations profondes induites par les aliments ultra-transformés (AUT) sur le microbiote intestinal.

Réduction de la diversité microbienne

Les AUT, très pauvres en fibres fermentescibles et riches en sucres simples, en graisses raffinées et en additifs, entraînent une réduction de la diversité bactérienne intestinale. Or, cette diversité est un indicateur fondamental de la résilience et de la stabilité du microbiote : plus elle est faible, plus le système est vulnérable aux perturbations.

Perte de bactéries bénéfiques

Deux espèces bactériennes particulièrement importantes voient leur abondance fortement diminuer chez les consommateurs réguliers d’AUT :

• Akkermansia muciniphila, impliquée dans l’entretien du mucus intestinal et la protection de la barrière intestinale.
• Faecalibacterium prausnitzii, l’un des principaux producteurs de butyrate, un acide gras anti-inflammatoire essentiel à la santé du côlon.

La disparition progressive de ces bactéries a été associée à des pathologies telles que le diabète de type 2, l’obésité, les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) et certains troubles de l’humeur.

Prolifération de bactéries pro-inflammatoires

À l’inverse, les AUT favorisent la croissance de bactéries associées à des profils pro-inflammatoires, comme :

• Bacteroides, qui, en excès, peuvent induire un déséquilibre du système immunitaire.
• Granulicatella, Blautia, et certaines espèces de la famille des Peptostreptococcaceae, impliquées dans la dégradation du mucus et la production de métabolites inflammatoires.

Ces déséquilibres caractérisent un état de dysbiose intestinale.

h3 style="font-size: 1.4rem; margin-top: 30px; margin-bottom: 30px; color: #2972a7;">La dysbiose : un terrain propice aux maladies chroniques

La dysbiose se définit comme un déséquilibre du microbiote intestinal, marqué par une perte de diversité, une réduction des espèces bénéfiques, et une dominance de micro-organismes pathogènes ou inflammatoires.

Selon les données issues de la revue, cette dysbiose peut engendrer :

• Une perméabilité intestinale accrue (ou "leaky gut") : les jonctions serrées entre les cellules intestinales s’affaiblissent, laissant passer des molécules indésirables comme les lipopolysaccharides (LPS), des fragments bactériens pro-inflammatoires, dans la circulation sanguine.
• Une inflammation systémique de bas grade : ce type d’inflammation, discret mais chronique, est désormais reconnu comme un facteur de risque central dans de nombreuses maladies non transmissibles.
• Des troubles métaboliques : perturbation de la régulation de la glycémie, résistance à l’insuline, accumulation de tissu adipeux.
• Des altérations neuropsychiques : dépression, anxiété, troubles du comportement alimentaire, fatigue cognitive, via une communication altérée entre l’intestin et le cerveau.

En somme, les aliments ultra-transformés ne nuisent pas uniquement à la qualité nutritionnelle de nos repas : ils altèrent directement un organe clé du bien-être global, le microbiote intestinal. Les effets, souvent discrets au début, peuvent devenir systémiques et durables s’ils ne sont pas corrigés à temps.

L’intestin n’est pas seulement un organe de digestion. C’est aussi une zone de frontière hautement contrôlée entre le milieu extérieur (les aliments, les microbes, les toxines ingérées) et l’intérieur du corps (la circulation sanguine, les organes). Pour assurer cette fonction de filtre intelligent, l’organisme s’appuie sur une barrière intestinale complexe, dynamique et hautement spécialisée.

Une structure en trois couches interdépendantes

La barrière intestinale est constituée de plusieurs éléments qui travaillent ensemble pour maintenir un équilibre entre perméabilité contrôlée (pour laisser passer les nutriments) et protection stricte (contre les intrus potentiellement dangereux) :

1. Le mucus intestinal
   Sécrété par les cellules de l’épithélium, il forme une couche visqueuse qui recouvre la muqueuse et agit comme une première ligne de défense. Ce mucus empêche les bactéries de toucher directement les cellules intestinales. Il abrite également des molécules antimicrobiennes et des immunoglobulines (IgA).
2. L’épithélium intestinal
   Ce tissu est composé d’une seule couche de cellules spécialisées, liées entre elles par des jonctions serrées (tight junctions). Ces jonctions régulent la perméabilité intestinale, c’est-à-dire la capacité de laisser passer certains éléments (comme les nutriments) tout en bloquant les molécules indésirables (toxines, antigènes, fragments bactériens).
3. Le système immunitaire intestinal (GALT)
   Juste en dessous de l’épithélium, le système immunitaire intestinal – ou GALT (Gut-Associated Lymphoid Tissue) – surveille en permanence ce qui se passe dans la lumière intestinale. Il est capable de reconnaître les agents pathogènes, d’activer des réponses immunitaires ciblées, mais aussi de tolérer les éléments inoffensifs comme les aliments ou les bactéries symbiotiques.

Une structure en trois couches interdépendantes

La revue de 2025 souligne que plusieurs composants typiques des aliments ultra-transformés (AUT) fragilisent activement cette barrière :

Les émulsifiants alimentaires

Des additifs tels que la carboxyméthylcellulose et le polysorbate 80, fréquemment utilisés pour stabiliser la texture des produits industriels (sauces, crèmes, desserts, produits allégés…), ont montré dans plusieurs études qu’ils :

• Modifient la composition du microbiote intestinal, réduisant les espèces bénéfiques
• Détruisent ou amincissent la couche de mucus protecteur
• Augmentent la perméabilité intestinale en affectant les jonctions serrées

Résultat : les microbes et leurs toxines peuvent se rapprocher de la muqueuse, voire la traverser.

Les édulcorants artificiels

Des substances comme le sucralose, l’aspartame ou l’acesulfame-K perturbent l’équilibre microbien intestinal. Certaines études suggèrent qu’ils :

• Induisent une dysbiose (déséquilibre du microbiote)
• Favorisent une réponse inflammatoire anormale
• Altèrent les fonctions métaboliques associées au microbiote

Ces effets sont observés même en l’absence de calories, ce qui remet en question leur usage comme "alternatives saines" au sucre.

Les graisses saturées industrielles

Consommées en excès, comme c’est souvent le cas dans les AUT (produits frits, snacks, viennoiseries industrielles...), elles :

• Réduisent la population de bactéries bénéfiques (comme les Bifidobactéries ou Eubacterium rectale)
• Favorisent la croissance de bactéries pro-inflammatoires telles que les Proteobacteria, souvent associées à une perméabilité intestinale accrue et à des états inflammatoires chroniques

Les composés issus des procédés industriels de cuisson

La cuisson à haute température, typique des produits frits ou grillés industriellement, génère des composés de glycation avancée (AGEs) et des produits issus de la réaction de Maillard. Ces substances :

• Sont difficiles à dégrader par l’organisme
• Induisent un stress oxydatif
• Stimulent la production de cytokines pro-inflammatoires

En somme, les UPFs altèrent la composition et les fonctions du microbiote intestinal, réduisent la diversité bactérienne bénéfique, augmentent la perméabilité de l’intestin et déclenchent une inflammation chronique de bas grade, facteurs clés dans le développement de nombreuses maladies métaboliques.

Lorsque la barrière intestinale cède et que le microbiote perd son équilibre, les conséquences ne se limitent pas à un inconfort digestif. Ces perturbations engendrent une inflammation systémique de bas grade, un état chronique, silencieux, mais durable, aujourd’hui reconnu comme le dénominateur commun de nombreuses maladies non transmissibles.

La revue scientifique de 2025 synthétise les principaux liens entre les AUT, la dysbiose intestinale et les pathologies chroniques. Voici les plus documentées à ce jour :

Syndrome métabolique, obésité et diabète de type 2

Les personnes consommant régulièrement des AUT présentent un risque accru de développer un syndrome métabolique — un ensemble de troubles incluant tour de taille élevé, hypertension, dyslipidémie et résistance à l’insuline.

Les mécanismes en jeu :

• L’altération du microbiote réduit la production de butyrate, qui joue un rôle dans la régulation de la glycémie et de la satiété.
• L’inflammation induite par la translocation de LPS perturbe les récepteurs de l’insuline.
• La production accrue de TMAO (triméthylamine N-oxyde), un métabolite bactérien, est associée à un risque cardiovasculaire plus élevé.

Résultat : une consommation régulière d’AUT favorise la prise de poids viscéral, la dérégulation du métabolisme glucidique et l’installation progressive d’un diabète de type

Maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI)

La maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique sont des affections inflammatoires du tube digestif fortement influencées par l’environnement intestinal.

Ce que montre la recherche :

• Une perte des bactéries anti-inflammatoires comme Faecalibacterium prausnitzii est fréquente chez les patients atteints de MICI.
• Les AUT altèrent la barrière muqueuse, favorisant une infiltration bactérienne et une activation excessive du système immunitaire intestinal.
• Des composés comme les émulsifiants peuvent directement induire des poussées inflammatoires dans les modèles expérimentaux.

Certaines études suggèrent même que la consommation élevée d’AUT pendant l’enfance pourrait augmenter le risque de MICI à l’âge adulte.

Cancers colorectaux

Le microbiote joue un rôle clé dans la prévention ou la promotion de certains cancers, notamment celui du côlon.

• Certains additifs alimentaires ou produits issus de la cuisson industrielle peuvent générer des composés mutagènes ou pro-carcinogènes.
• La dysbiose intestinale favorise la prolifération de bactéries telles que Fusobacterium nucleatum, dont la présence est corrélée au développement de tumeurs colorectales.
• L'inflammation chronique intestinale crée un environnement propice aux mutations cellulaires et à la prolifération anormale des cellules.

Plusieurs études épidémiologiques associent désormais la consommation élevée d’AUT à une augmentation du risque de cancer colorectal, indépendamment des facteurs nutritionnels classiques (fibres, alcool, etc.).

Troubles neuropsychiques : anxiété, dépression et cognition

Le rôle de l’intestin dans la santé mentale est aujourd’hui bien établi via l’axe intestin-cerveau, un réseau de communication bidirectionnel entre les bactéries intestinales, le système nerveux entérique, le cerveau et le système immunitaire.

Les données de la revue confirment que :

• La dysbiose induite par les AUT modifie la production de neurotransmetteurs intestinaux (sérotonine, GABA, dopamine).
• L’inflammation systémique perturbe la plasticité neuronale et la neurogenèse.
• Les personnes exposées à une alimentation riche en AUT présentent plus de symptômes dépressifs et d’anxiété, même après ajustement pour les apports caloriques.

Une étude citée dans la revue révèle qu’une consommation élevée d’AUT chez les adolescents est associée à un risque accru de dépression à l’âge adulte.

Troubles immunitaires et maladies auto-immunes

L'altération de la barrière intestinale expose le système immunitaire à des antigènes alimentaires et bactériens qu’il ne devrait normalement pas rencontrer. Cela peut :

• Favoriser l’activation excessive des lymphocytes T
• Induire des réactions immunitaires croisées (mimétisme moléculaire)
• Participer au déclenchement de maladies auto-immunes, comme :
  • La thyroïdite de Hashimoto
  • La polyarthrite rhumatoïde
  • Le diabète de type 1
  • La sclérose en plaques

Le lien entre la perméabilité intestinale, la dysbiose et l’auto-immunité est un champ de recherche en pleine expansion, et les AUT sont l’un des facteurs les plus étudiés dans ce contexte.

Les dommages causés par une alimentation ultra-transformée sur le microbiote et la barrière intestinale peuvent être profonds. Mais la science est claire : ces déséquilibres ne sont pas irréversibles. À condition d’intervenir de façon ciblée, cohérente et durable, il est possible de réorienter l’écosystème intestinal vers un état plus stable et protecteur.

La revue Nutrients (2025) propose des solutions concrètes, validées scientifiquement, pour restaurer et entretenir un équilibre intestinal durable. Ces recommandations s’articulent autour de trois piliers essentiels : l’alimentation, la supplémentation ciblée et l’hygiène de vie.

Repenser son alimentation : priorité au vivant et au naturel

L’alimentation moderne, dominée par les produits ultra-transformés, est appauvrie en fibres, en composés bioactifs, et riche en additifs nocifs. À l’inverse, une alimentation axée sur la diversité végétale, les aliments fermentés et les produits bruts permet de nourrir le microbiote et de renforcer la barrière intestinale.

Les recommandations essentielles :

• Réduire drastiquement les aliments ultra-transformés : cela signifie privilégier les aliments bruts ou peu transformés, cuisiner soi-même autant que possible, et lire les étiquettes pour éviter les produits contenant une longue liste d’ingrédients artificiels.
• Augmenter les fibres alimentaires : un apport quotidien d’au moins 25 g de fibres est recommandé. On les trouve dans :
  • Les légumes (crus et cuits)
  • Les légumineuses (lentilles, pois chiches, haricots…)
  • Les fruits frais (avec la peau lorsque possible)
  • Les céréales complètes (avoine, sarrasin, quinoa, riz complet…)
• Introduire des aliments fermentés naturellement : riches en probiotiques et en métabolites bénéfiques, ils contribuent à une meilleure diversité microbienne. Exemples : kéfir, choucroute crue, kimchi, miso, tempeh, kombucha, yaourt au lait cru fermenté.

Une alimentation anti-dysbiose repose sur la variété, la fraîcheur, et la richesse en végétaux fonctionnels.

Compléments alimentaires ciblés : renforcer intelligemment le microbiote

Pour soutenir activement la santé intestinale, certains compléments alimentaires peuvent jouer un rôle ciblé et pertinent. La revue insiste sur l’impact positif particulier des prébiotiques et probiotiques … Ces outils agissent en synergie avec le microbiote pour renforcer sa diversité, soutenir la barrière intestinale et moduler l’inflammation. Lorsqu’ils sont bien sélectionnés, ils constituent un levier stratégique pour optimiser l’équilibre intestinal sur le long terme.

Probiotiques : restaurer la flore protectrice

Certaines souches sont particulièrement bien documentées pour leurs effets bénéfiques sur la santé intestinale. Parmi les plus étudiées, on retrouve notamment Lactobacillus rhamnosus et Bifidobacterium longum.

Un probiotique efficace doit contenir des souches cliniquement testées, en quantités suffisantes (généralement plusieurs milliards d’UFC par prise), et être formulé pour résister à l’acidité gastrique afin d’atteindre l’intestin intact.

Le laboratoire Nutrixeal a sélectionné pour vous des souches probiotiques hautement documentées, utilisées dans la recherche clinique, et les a intégrées à des formules gastro-résistantes, sans excipients controversés, pour une efficacité optimale et une tolérance digestive irréprochable.

Prébiotiques : nourrir les bonnes bactéries

Il s’agit de fibres spécifiques que notre organisme ne digère pas, mais qui sont essentielles à l'équilibre du microbiote. Elles servent de support nutritif aux bactéries bénéfiques. Les plus étudiées et efficaces sont les fibres fermentescibles et les oligosaccharides, deux familles clés dans le soutien de la santé intestinale.

Leur consommation régulière stimule la croissance de Bifidobacterium et d'autres espèces clés du microbiote, tout en favorisant la production d’acides gras à chaîne courte (SCFAs), dont le butyrate, un acteur essentiel de la santé intestinale.

En phase avec les recommandations issues de la revue Nutrients (2025), le laboratoire Nutrixeal propose des ingrédients prébiotiques de très haute qualité : extraits purifiés, sans additifs superflus, hautement biodisponibles et sélectionnés pour leur efficacité documentée et leur excellente tolérance digestive.

Mode de vie pro-microbiote : chaque geste compte

Le microbiote ne réagit pas uniquement à ce que vous mangez. Il est également influencé par votre mode de vie, notamment par le stress, le sommeil et l’activité physique. La revue Nutrients rappelle que des ajustements simples peuvent faire une réelle différence.

Activité physique régulière

Des études montrent que l’exercice (même modéré) :

• Augmente la diversité microbienne
• Stimule la production d’acides gras à chaîne courte
• Renforce la perméabilité sélective de l’intestin

Il est conseillé de viser au moins 150 minutes d’activité physique par semaine, combinant endurance et mouvements fonctionnels.

Gestion du stress

Le stress chronique perturbe l’axe intestin-cerveau et modifie la composition du microbiote. Il favorise également la perméabilité intestinale et l’inflammation.

Stratégies recommandées :

• Méditation pleine conscience
• Cohérence cardiaque / respiration lente
• Thérapies cognitives et comportementales (TCC)
• Exposition régulière à la nature

Sommeil de qualité

Le microbiote suit un rythme circadien, synchronisé avec votre veille/sommeil. Un sommeil de mauvaise qualité peut perturber sa composition.

Objectifs :

• Dormir 7 à 9 heures par nuit
• Respecter des horaires réguliers
• Éviter les écrans et les excitants le soir

À la lumière des récentes découvertes scientifiques, il ne fait plus de doute que le microbiote et la barrière intestinale sont au cœur de notre santé globale. Ce que nous mangeons, la manière dont nous vivons, et les déséquilibres que nous accumulons finissent tous, tôt ou tard, par impacter cet écosystème fragile.

Si les ajustements alimentaires et l’hygiène de vie sont essentiels pour restaurer l’équilibre intestinal, Nutrixeal s’apprête à aller encore plus loin. Forts de notre expertise en nutrition fonctionnelle, nous préparons le lancement d’un complément innovant, spécifiquement conçu pour répondre aux besoins globaux de l’écosystème intestinal moderne.

Pensée comme une formule complète et synergique, cette nouveauté a pour objectif de soutenir :

• L’intégrité de la barrière intestinale (mucus, jonctions serrées)
• Le bon fonctionnement du microbiote (équilibre bactérien, métabolisme)
• La modulation naturelle de l’inflammation digestive
• Une digestion apaisée et une meilleure tolérance alimentaire

Sans dévoiler encore sa composition, nous pouvons d’ores et déjà affirmer que cette formulation mobilise des actifs de dernière génération, rigoureusement sélectionnés pour leur efficacité documentée, leur biodisponibilité et leur tolérance.

Ce complexe innovant viendra enrichir notre gamme existante, déjà composée de probiotiques, prébiotiques, enzymes digestives, extraits végétaux, acides aminés et fibres fonctionnelles, tous conçus avec le même souci de qualité : formules sans excipients inutiles, sans allergènes majeurs, et toujours 100 % actives.

Chez Nutrixeal, nous croyons que la prévention commence au niveau cellulaire, que le microbiote est un allié à cultiver, et que la barrière intestinale mérite d’être protégée avec autant de soin que n’importe quel autre organe vital.